Китайские ученые предположили, что невероятно сильно мутировавший по сравнению с первоначальным штаммом омикрон-коронавирус появился в результате перехода от людей к мышам и обратно. Гипотезу они изложили в виде препринта на репозитории bioRxiv.

Происхождение «омикрона» – тема горячих споров в научных кругах. Многие мутации в штамме B.1.1.529 редко встречались среди ранее обнаруженных вариантов SARS-CoV-2, что привело к трем преобладающим гипотезам о его эволюции:

• а) «омикрон» долго «скрытно» распространялся среди населения при недостаточном надзоре за вирусами;
• б) он мог развиться у хронически инфицированного пациента с ослабленным иммунитетом, где была удачная для долгосрочной адаптации вируса среда (самая популярная сегодня гипотеза);
• в) штамм мог накопить мутации в нечеловеческом хозяине, а затем перепрыгнуть на людей.

Китайские ученые идентифицировали 45 точечных мутаций, которые «омикрон» приобрел после расхождения с «родительской» линией, и взялись за анализ их молекулярных спектров, чтобы выяснить, какой хозяин мог быть у штамма до предполагаемого перехода на человека.

Они исследовали молекулярные спектры мутаций (то есть относительную частоту 12 типов замен нуклеотидных оснований) от широкого круга млекопитающих-хозяев, – для сравнения со спектрами «омикрона».

Выяснилось, что участок генома, где кодируется белок-шип «омикрона», подвергся более сильному положительному отбору, чем тот же участок у любых описанных ранее вариантов SARS-CoV-2, которые устойчиво развиваются у человека-хозяина.

Другими словами, спектр мутаций, приобретенных предком «омикрона», «значительно отличался от спектра вирусов, которые развивались у пациентов-людей», и при этом «полностью соответствовал спектрам, связанным с эволюцией в клеточной среде мыши». Это указывает на «возможность межвидового перехода», считают ученые.

Также они узнали, что мутации в шипе «омикрона» «значительно перекрываются» с мутациями, которые способствуют адаптации SARS-CoV-2 к мышам, в частности, за счет повышенной силы связывания этого белка с ACE2-рецептором для проникновения в мышиную клетку.

«Наши результаты предполагают, что предок «омикрона» перешел от человека к мышам, быстро накопил мутации, способствующие заражению этого хозяина, а затем перескочил обратно на людей», – делают вывод ученые из КНР.

Они предостерегают, что способность коронавируса распространяться среди различных видов приведет к тому, что человечество, «вполне вероятно», столкнется с новыми штаммами животного происхождения, пока пандемию не удастся обуздать и контролировать ее ход.